黄檗宗（おうばくしゅう）は、日本における仏教の宗派であり、臨済宗、曹洞宗に次ぐ禅宗の一つである。唐の僧・黄檗希運（臨済義玄の師）の名に由来します。臨済宗、曹洞宗が日本風に姿を変えた現在でも、黄檗宗は明朝風様式を伝えています。本山は隠元隆琦の開いた、京都府宇治市の黄檗山（おうばくさん）萬福寺です。
日本では、江戸時代初期の1654年（承応3年）に明末清初の中国から招聘された中国臨済宗の隠元隆琦により始ます。1740年（元文5年）に第14代住持に和僧の龍統元棟が晋山するまでは伝統的に中国から住職を招聘してきました。隠元の禅は、鎌倉時代の日本臨済宗の祖である円爾や無学祖元等の師でもある無準師範の法系を嗣ぐ臨済禅であり、当初は正統派の臨済禅を伝えるという意味で「臨済正宗」や「臨済禅宗黄檗派」を名乗っていた。宗風は、明時代の中国禅の特色である華厳、天台、浄土等の諸宗を反映したいわゆる混淆禅の姿を伝えている。幕府の外護を背景として、大名達の支援を得て、鉄眼道光らに代表される社会事業などを通じて民間の教化にも努めたため、次第に教勢が拡大した。萬福寺の塔頭は33ヵ院に及び、1745年の「末寺帳」には、1043もの末寺が書き上げられている。
1874年（明治7年）、明治政府教部省が禅宗を臨済、曹洞の二宗と定めたため、強引に「臨済宗黄檗派」（りんざいしゅうおうばくは）に改称させられたが、1876年（明治9年）、黄檗宗として正式に禅宗の一宗として独立することとなった。